היטמן הוא רוצח על שהונדס בצורה גנטית לכדי ממכונת הרג מושלמת. הרוצח הוא שיאו של מחקר שנערך במשך עשורים – וארבעים וששה סוכנים משובטים שקדמו לו – והתפתח למכונה חכמה, מהירה, ועוצמתית. מטרתו האחרונה היא תאגיד ענק המתכנן לגלות את סודות תכנונו של סוכן 47 כדי ליצור צבא של רוצחים המיומנים יותר ממנו. כדי לעצור את הגוף הזה מצרף אליו הסוכן בחורה צעירה ובדרך הוא מגלה את שורשיו האמיתיים ומתעמת אל מול אויבו הקטלני ביותר.