הסרט "שתיקת הארכיון" בוחן באופן מעמיק את היחס המתעתע שבין זיכרון – אמת, ותיעוד (צילום) באמצעות סיפור הפקתו של סרט התעמולה הנאצי הארוך והמשמעותי ביותר שהופק בגטו וורשה, במאי 1942, זמן קצר לפני שליחת רוב תושבי הגטו להשמדה בטרבלינקה.
קולנוענים דוקומנטרים רבים שעסקו לאחר המלחמה בשואת היהודים השתמשו בקטעים קצרים מהסרט, כמעט תמיד אותם הקטעים, כאילו היו מסמך נאמן למציאות ששררה שם. למרות שדימויים רבים שנצרבו בתודעתנו כרגעים מהימנים מחיי היהודים תחת הכיבוש הנאצי לקוחים למעשה מתוך אותו סרט תעמולה נאצי, רק מעטים מודעים לאופן בו התרחשו הצילומים. אותו סרט תעמולה הינו ללא ספק המסתורי מבין אלה ששרדו לאחר המלחמה בארכיון הסרטים של הרייך השלישי: זהותם של יוצריו מעולם לא נודעה, כמו גם הסיבה להפסקת הפקתו בטרם הושלמה עבודת עריכתו. באמצעות חשיפת סיפור עשיית הסרט ועימות הדימויים עם עדויותיהם של ניצולים שהיו עדים לצילומים ברחובות הגטו, קטעי יומני תושבי הגטו היהודים, שחשפו את תחבולת הבימוי, ופרוטוקול חקירה נדיר של אחד הצלמים הנאצים שעמדו מן הצד השני של המצלמה המתגלה כאן לראשונה, חושף הסרט, כבפעולה ארכיאולוגית שכבה אחר שכבה, מציאות מורכבת וקרובה יותר לזוועה עליה רומזים הדימויים. בכך מערער הסרט את ביטחונו של הצופה באמת המוצגת לפניו, אך בו בזמן מגלה את כוחם העדותי של חומרי הארכיון המצולמים, מבעד מסך המניפולציה הקולנועית.