הסרט השלישי ממשיך ישירות את סופו של הסרט השני, לאחר שמלתזר הרשע לקח את מקומו של ארתור במסע חזרה אל תוך העולם של בני האדם ועכשיו הוא בגודל אנושי ומעל 2 מטר. הוא לוקח מארצ'יבלד מתכוון מלתזר להשתלט על העולם ולהקים צבא משלו. ארתור, סלניה ובטאמש בגודל מינימוני של 2 מילימטר צרכים למצוא תוכנית חדשה לעצור את מלתזר מלהשתלט על העולם. דארקוס, בנו של מלתזר, חוזר להשמיד את המינימונים ורוצה לחבור לאביו בהשתלטות על העולם, אבל בכמה מאמצים הוא עבר לצד של הטובים. ארתור חוזר להיות בן אדם. לאחר שנפרד מהמינימונים, כשמלתזאר תוקף את העיר והורס אותה בעזרת חייליו, הוא נעצר ונהפך להיות שוב קטן על ידי דבורה שבאטמש וסלניה רכבו עליה. בסצנת הסיום של הסרט דארקוס שר עם החיילים שיר סיום.