מה אם המלחמה הזו הייתה מסתיימת מחר? לא שווה להלחם בשביל זה? לא שווה למות בשביל זה? תומאס "נאו" אנדרסון (קיאנו ריבס) החליט החלטה גורלית כשהוא בחר לשאול את השאלה אותה מורפיאוס (לורנס פישבורן) וטריניטי (קארי אן מוס) שאלו אותו קודם. לחפש ולקבל את האמת. לשחרר את מוחו מהמטריקס. הכל מתחיל בבחירה. עכשיו, בפרק השני בטרילוגיית המטריקס, נאו לומד לשלוט בכוחותיו הבלתי רגילים בזמן שציון נמצאת תחת מצור של צבא מכונות. רק שעות ספורות מפרידות בין האדם האחרון על כדור הארץ, לרבע מיליון זקיפים המתוכנתים להשמיד את האנושות. אבל אזרחי ציון מעודדים מאמונתו של מורפיאוס ש"האחד" ימלא את נבואת האורקל ויסיים את המלחמה עם המכונות. עכשיו כל התקוות מתגלמות בנאו, שמוצא את עצמו מוטרד על ידי חזיונות מטרידים בזמן שהוא מחפש את הדרך לפעול. אנחנו אף פעם לא יכולים לראות דרך בחירה, אותה אין אנו מבינים.